A flora da região está situada em uma zona de tensão entre a Mata Atlântica e o Cerrado. Diversos endemismos ocorrem na Serra da Canastra, principalmente em função da antropização do meio.

Nos chapadões predomina o campo de altitude, com algumas variações do cerrado e matas de galeria. Nos vales encontramos vestígios da floresta de Mata Atlântica outrora abundante na região.